20 января 1899 года из России в Канаду прибыли первые эмигранты-духоборы. По законам Российской империи их религия считалась "преступлением против веры" и преследовалась в рамках уголовного права.
В царской России религиозная жизнь была тесно сопряжена со светским законодательством. В «Уложение о наказаниях уголовных и исправительных» от 1845 года «преступлениям против веры» была посвящена целая глава, содержавшая 32 статьи. Так, распространение нехристианской веры наказывалось плетьми с наложением клейм и каторжными работами в крепостях на срок от восьми до десяти лет. Последователям русских протестантских сект за распространение своей веры, согласно 207-ой статье полагалась ссылка. Основным же посылом к религиозной эмиграции стал закон 1874 года о всеобщей воинской повинности.
Эмиграция русских старообрядцев за границу началась вскоре после Собора 1667 года и особенно усилилась в правление царевны Софьи и при патриархе Иоакиме. Первоначальными регионами их расселения стали земли Речи Посполитой, земли балканских владений Османской империи (княжества Валахия и Молдова) — Добруджа и Буковина, где они пользовались полной свободой вероисповедания. Старообрядцы-эмигранты не жили обособленно, русские общины за рубежом были прочно связаны с московскими центрами, шел постоянный интеллектуальный и финансовый обмен.
С конца 1880-х годов русские старообрядцы начали переселяться в США. Одними из первых в Новый Свет отправились поморские старообрядцы из Сувалок (Польша) и сельских районов вокруг Минска. Первое упоминание о переселении поморских старообрядцев (беспоповцев) в Пенсильванию относится к 1888 году. Старобрядцы работали на шахтах на юго-западе Пенсильвании, а затем переселились в Эри. Кроме того, общины были в Нью-Джерси, Калифорнии и Мичигане.
Духоборство отрицает всякую христианскую обрядовость, богослужение в общине совершается в комнате, пост считается воздержанием от дурных мыслей и дел, брак не считается таинством. Также духоборы отказываются от военной службы и присяги вообще. Во время правления Александра I к духоборам было положительное отношение, по этой причине этот царь пользуется у духоборов особым почтением. Расположение властей духоборы потеряли при Николае I. В 1841 началась высылка духоборов в Грузию и Азербайджан. Между 1841—1845 было переселено около 5000 духоборов. После введения в 1887 году на Кавказе всеобщей воинской повинности по местам расселения духоборов прокатились волнения. В 1895 году несколько тысяч духоборов заявили властям о своём полном отказе от военной службы. В ночь с 28 на 29 июня они снесли в кучу все имевшееся у них оружие, облили его керосином и под пение псалмов сожгли. Тогда духоборы стали подвергаться гонениям со стороны властей и было принято решение о эмиграции.
Помощь духоборам оказали Лев Толстой, его друг Владимир Чертков и Петр Кропоткин. Чтобы использовать гонорар для финансирования переселения, Лев Толстой специально закончил ранее отложенный роман «Воскресение»В 1898—1899 годах примерно 8000 духоборов эмигрировали в Канаду, в неосвоенные районы провинции Саскачеван. Старейшины общины духоборов пророчествовали: « Если царь отпустит духоборцев из своей страны, то он потеряет свой престол, потому что Бог уйдет с духоборцами".
Ещё одной общиной, чьи члены были вынуждены эмигрировать из Российской империи в конце XIX века стали меннониты. Меннониты, основу которых составляли немцы и голландцы, переселялись в Россию ещё со времен Екатерины II. Она обещала переселенцам свободу вероисповедания и свободу от гражданской и военной службы. Когда в 1874 году все колонисты в России были признаны подлежащими воинской повинности, это было воспринято меннонитами как требование, несогласное с их религиозными убеждениями, и значительная их часть решила выселиться из России. Из одной Таврической губернии переселилось в Америку до 1876 около 900 меннонитских семейств и почти столько же из Екатеринославской. Меннониты поселились компактными общинами в штатах Оклахома, Канзас, Северная и Южная Дакота. Основным их занятием, как и в России, стало земледелие. Меннониты не забыли о России: в 1919 году, в период Гражданской войны, они отправили в страну помощь нуждающимся — денежные пожертвования и вещи на 75 тысяч долларов.
Показательной в плане религиозного эмиграционного процесса может считаться эмиграция из России общины молокан. Их преследование началось в середине XIX века. Тогда они были высланы из Тамбовской, Саратовской и Воронежской губерний на Кавказ, на границу с Турцией и Персией. В 1879 году в Российской империи была объявлена всеобщая воинская повинность, которую молокане, по религиозным принципам, не могли нести. Тогда у них и возникла мыль об эмиграции. В Канаду и США от общины были отправлен "ходоки". Они принесли о жизни за границей достаточно противоречивую информацию, но в 1902 году община молокан на Кавказе большинством голосов все же приняла решение переселяться в США. Основным фактором стало отсутствие всеобщей воинской повинности и свобода религии в США. Российская власть проявила к молоканам относительную лояльность: около 60% членов общины получили загранпаспорта, остальные 40% семей имели детей, подлежащих воинской повинности, и им было отказано в выезде из страны. Им пришлось нелегально переходить границу с Турцией и Персией.
Серьезную помощь в эмиграции оказали купцы-староверы, комитеты русской интеллигенции, писатели Лев Толстой, Максим Горький. 75% расходов на переселение молокан они взяли на себя. Большая часть молокан осела на западном побережье США, в Калифорнии. Исповедуя принцип «не убий» и считая себя «гражданами небесной империи», молокане отвергали солдатчину и войну, а поэтому избегали принятия американского гражданства.
В разгар хрущевской антирелигиозной компании в 1961 году, за создание группы, деятельность которой «сопряжена с причинением вреда здоровью граждан», был осужден житель Черногорска Григорий Ващенко и еще несколько пятидесятников.В октябре 1962 двоюродный брат осужденного, Петр, вместе с женой Августиной и двумя детьми попытались пробиться в Посольство США с прошением о политическом убежище, но они были задержаны милицией и отправлены назад в Черногорск.С октября 1962 по май 1968 года пятидесятники в разном составе предприняли еще несколько попыток эмигрировать. Наконец, 20 апреля 1978 года Пётр Ващенко с женой получили приглашение в США от пресвитерианского пастора из Алабамы. В июне 1978 семеро пятидесятников вновь ринулись в Посольство. Семья Ващенко встретилась с послом Туном, американскими сенаторами и конгрессменами. Восемьдесят членов Палаты представителей Конгресса США направили письмо Леониду Брежневу с просьбой разрешить выезд пятидесятникам. В апреле 1983 года Лидии разрешили эмигрировать в Израиль. Оттуда она прислала вызов оставшимся членам семьи, и в 1985 году «сибирская семерка» поселилась в штате Вашингтон. На исполнение мечты у Ващенко ушло более двадцати лет.
Революция и свержение монархии стали причиной такого явления как религиозная реэмиграция. В "новую Россию" стали возвращаться те, кто вынужден был покинуть страну. Процесс этот был в рамках страны не таким массовым, как эмиграция, но в этом случае важно не количество, а качество: многие из вернувшихся имели хорошую богословскую подготовку и ехали в Россию для того, чтобы проповедовать. Судьба многих из них сложилась трагически: религиозные культы плохо совмещались с генеральной линией партии.
В этом отношении показательна судьба пятидесятника Ивана Воронаева. Он эмигрировал из России в 1912 году. В Америке закончил библейский колледж в Беркли. Уже будучи баптистом, в Нью-Йорке Воронаев познакомился с пятидесятниками и принял крещение Святым духом. Через два года, в 1921 году, Воронаев вернулся в Россию, поселился в Одессе и основал там церковь пятидесятников. Уже через несколько лет в ней были десятки верующих.
В 1930 году Воронаев и его единомышленники были сосланы в лагеря. Потом была ссылка в Калужскую область и повторный арест. Умер Воронаев в лагере. По одной из версий, конвоиры спустили на него сторожевых собак, когда он от усталости задерживал колонну заключенных, возвращавшихся с работ. Бюст Воронаева высечен на памятнике «Героям веры» в Одессе.