Слово «пахан» пришел из жаргона офеней - русской касты бродячих торговцев. Пахан (другие форсы - паханя, похазник) означал «хозяин» и происходил от другого жаргонима офеней - «похаз» (дом, изба, двор; кабак). Любопытно, что слово «хаза», популярное в русском уголовном жаргоне, происходит как раз от слова «похаз».
«Пахан» как и другие «термины» офеней попали в воровской жаргон ещё в XIX веке. Так, называли как какого-то авторитетного вора, содержателя притона, так и начальника тюрьмы.
Уже в СССР в колониях малолетних так стали называть взрослых наставников, которых назначали из числа взрослых заключенных - была такая практика до конца 1980-х.